Fabuła gry Quake II inspirowana jest filmem Działa Nawarony

Proces produkcji pierwszego Quake'a był dla studia id Software prawdziwą drogą przez mękę. Brak spójnej wizji sprawił, że deweloperzy zmarnowali cały rok na tworzenie zawartości, która ostatecznie trafiła do kosza. Dopiero pod koniec 1995 roku zdecydowano, że Quake będzie klonem Dooma i wtedy też rozpoczęła się szalona walka z czasem, okupiona obniżeniem morale w zespole i wyrzuceniem jednego ze współzałożycieli amerykańskiej firmy, czyli Johna Romero. Sama strzelanina, choć ostatecznie odniosła ogromny sukces, była daleka od ideału. Zawiodła przede wszystkim kampania dla jednego gracza, która stanowiła miks klimatów fantasy i science-fiction, podlanych sosem z elementów charakterystycznych dla twórczości H.P. Lovecrafta. Pomni tych doświadczeń, deweloperzy z id Software postanowili podejść do swojego kolejnego dzieła w bardziej profesjonalny sposób.

Drugi Quake dostał od razu to, o czym "jedynka" mogła  co najwyżej pomarzyć - przemyślaną koncepcję, której trzymano się od początku produkcji gry do samego jej końca. Zaledwie tydzień przed swoim zwolnieniem John Romero zasugerował, że akcja nowej strzelaniny mogłaby rozgrywać się w placówce górniczej, a jej bohaterem zostałby zwykły górnik (identyczny pomysł wykorzystali później twórcy Red Faction). Choć ta idea ze zrozumiałych względów nie przeszła, deweloperzy podchwycili pomysł osadzenia fabuły wokół konkretnego celu. Paliwa dostarczył im film wojenny Działa Nawarony z 1961 roku, będący adaptacją tak samo zatytułowanej powieści Alistaira MacLeana.

W Działach Nawarony jesteśmy świadkiem, jak podczas II wojny światowej niewielka grupa komandosów przeprowadza akcję na opanowanej przez Niemców greckiej wysepce. Celem sił specjalnych są tytułowe działa, które pomagają hitlerowcom trzymać w szachu uwięzionych na wyspie alianckich żołnierzy. Użycie małego zespołu okazuje się wręcz konieczne, bo siły Osi skutecznie neutralizują próby zbombardowania swoich pozycji. Zdesperowanym Aliantom nie pozostaje więc nic innego, jak dokonać precyzyjnego uderzenia tam, gdzie nikt się go nie spodziewa.

Zrealizowanie tego samego scenariusza w kosmicznej wersji zaproponował jeden z kluczowych artystów w firmie id Software, Kevin Cloud. Zasugerował on, żeby hitlerowców zamienić na bezwzględna rasę Stroggów, a malowniczą grecką wysepkę na obcą planetę. W rolę alianckiego komandosa miał wcielić się oczywiście gracz, który jako jeden z niewielu przeżył desant w paszczy lwa. Głównym celem zmagań w Quake'u II miało być natomiast zniszczenie Wielkiego Działa, pełniącego tę samą funkcję, co niemiecka artyleria w pierwowzorze. Plan ten zrealizowano w stu procentach.